Bogen består af en række kapitler, som hver er selvstændige fortællinger om tre venner. Lille Virgil er den opfindsomme dreng, som bor i bagerens hønsehus sammen med en etbenet hane. Læseren hører ikke noget om, hvordan drengen egentlig er havnet der, eller hvor han får de mange sodavand fra, som udgør hans morgenmad. Det uorganiserede anarki i lille Virgils verden udfordres af vennerne Oscar og Carl Emil, som har hver deres autoriteter: Oscar refererer altid til, at han har læst noget i en bog, mens Carl Emil har sin mor som reference til det meste af, hvad han siger.
Og de siger meget. Dialogen bærer handlingen frem, og hvad de ikke siger, står på de tomme pladser mellem linjerne. En gemt skat begynder med, at Carl Emil har fået nye flotte bukser: Hvordan får man fat i sådan et par dejlige bukser? spurgte lille Virgil. Det er det pæneste par bukser jeg nogensinde har set. De er pænere end smedens søndagsbukser. Man får dem af sin moster i Smalleby, sagde Carl Emil. Jeg har ingen moster, sagde lille Virgil. I alt fald ikke i Smalleby. Så må du se at få dig en, sagde Carl Emil. Det er nogle dejlige bukser, kan du tro.
I samme kapitel kan man læse en meget præcis beskrivelse af, hvad barndom og leger handler om: Hvor har du været? sagde Carl Emils mor, da Carl Emil kom hjem. Du kommer sent. Jeg har været ude i bjergene, sagde Carl Emil. Vi fandt tre gemte skatte. Der er ingen bjerge her i landet, sagde Carl Emils mor. Og gemte skatte findes kun i eventyrene. Nå, sagde Carl Emil. Men vi fandt dem nu alligevel.

I kapitlet Carl Emil holder fødselsdag får Carl Emil en skrubtudse af lille Virgil og et usynligt æble af Oscar. Carl Emils stadig noget fantasiforladte mor kan ikke se det sjove i nogen af gaverne, og hun irriteres af deres evige spørgen til Carl Emils nattøj - sådan noget har de to drenge nemlig aldrig hørt om før.
Børnefødselsdagen bliver et kaos, som overgår morens værste frygt og Carl Oscars største forventninger. Da tudsen havde gjort noget på gulvtæppet, som drengene ikke kunne blive enige om, hvad var, sagde Carl Emils mor, at de skulle gå ud og lege og tage skrubtudsen med.
Sine skøre elementer til trods læner Lille Virgil sig op ad en vis realisme. Det bryder kapitlet Dragen med. De tre drenge får fanget en drage og slæbt den op i skolen, så læreren må hoppe ud ad vinduet. De indlogerer dragen hos smeden, som altid er med på drengenes (i dette tilfælde også genremæssigt) fantastiske historier. Næste morgen er dragen dog forsvundet, måske forvandlet til en mus. Læreren er ikke meget mere tryg ved musen, da han også får lov at møde den.
Snart kommer de på andre tanker, fordi de møder Kong Gulerod, som har været i Jappien og har en børste uden hår. Når jeg børster håret med den, kan jeg se alle mine venner for mig. Så snakker jeg lidt med dem, før jeg begynder at vandre ud ad landevejen. Kong Gulerod kan desværre ikke blive i byen, da han skal ud og sejle med sin ven og hilse på alle fisk, hvaler og flyvefisk. De sidste råber i øvrigt PLIM, når de kommer flyvende, får de tre drenge - og dermed også læseren - at vide.
Netop Dragen satte det hele i gang. Da Dragen vandt en novellekonkurrence, løj forfatteren om, at han havde mere i skuffen, og så måtte han i gang med at skrive. Resultatet blev i første omgang Lille Virgil, i de kommende år en perlerække af bøger i samme stil: Sjove fortællinger om børn (drenge), som lever i udkanten af den voksne verden. Ole Lund Kirkegaards forfatterskabet er befolket med et hav af bipersoner, som er lige så skæve som fortællingernes hovedpersoner.
I sidste del af bogen vil de tre børn bygge et tårn. Til det brug finder de nogle brædder hos Kulle-karlen. Brædderne ligner ganske vist et plankeværk, men lille Virgil og Oscar argumenterer godt: De har aldrig hørt om, at Kulle-karlen skule have et plankeværk. Da ejeren ikke er hjemme, piller de alle brædderne ned og bygger et tårn oven på hønsehuset. Ganske vist glemmer de at lave både døre og vinduer, men lille Virgil har en løsning: Vi hænger bare en lampe op derinde () Det er meget hyggeligere. Så behøver vi heller ikke blomster og gardiner. Og vi skal aldrig vaske vinduer.

De to andre vil gerne have dydsmønsteret Carl Emil med til at indvi tårnet med en fest med sodavand og rugbrød. Han vil dog ikke lyve for sin mor om, at han skal hjælpe sine venner med at læse lektier. Han bliver først overbevist, da de beslutter at finde nogle rigtigt svære stykker. Det gør ikke noget, at du heller ikke kan regne dem, Carl Emil. Således moralsk beriget kan læseren sige farvel til en bog, som satte det hele i gang i slutningen af 1967.
Med kort mellemrum udkom fem børnebøger, som skulle vise sig at blive klassikere og sætte kursen for dansk børnelitteratur fremover. Lille Virgil var den første bog den 12. september 1967, og den fik snart følgeskab af Cykelmyggen Egon, Halfdans ABC, Silas og den sorte hoppe og Snøvsen og Eigil og katten i sækken.